燕云十六声湖底排水分为两种主流方式，一种是任务永久排水，另一种是快捷临时排水，永久排水需要解锁三处水下机关，临时排水可以借助武学或者试炼卡机制快速排空湖水。
想要永久排掉丹崖月湖湖水，先要前往隐月山东侧丹崖区域，找到NPC天不收接取红尘无眼支线任务，领取线索之后从崖边跳入月湖，潜入湖底深处。下水之后时刻留意屏息条，氧气快要耗尽立刻上浮换气，避免缺氧被迫重新往返。湖底中央排水井外围延伸出三条铁链，顺着铁链延伸的三个方位可以找到三处独立开关，逐个靠近开关完成互动开启闸门。三处闸门全部激活之后，中央排水井漩涡启动，湖水会慢慢排空，露出干涸的湖底区域，之后可以自由在湖底行走探索，不用再持续潜水憋气。排水完成后前往湖底盲女雕像处，踩下中间圆形主机关，按照北、东、南、西的方位顺序依次踩踏四周方位石板，即可打开湖底石洞大门，开启后续解谜环节。
秦川陷城湖的湖水无法依靠常规机关排空，这里可以使用永久排水方法，传送到陷湖城点位，朝着地图右下方水域下水，一直下潜到水下古房屋顶部，拾取武学半掌惊涛，拾取完毕整片湖泊的积水会直接永久消退，湖水不会再次复原，能够完整探索水下古城遗迹。
临时快速排水适合只想短暂探索湖底的玩家，有两种简便方式。第一种先在湖面释放闲风追月武学，随后更改季节为冬季，角色会直接坠落湖底，表层湖水瞬间褪去。第二种跳入水中后开启江湖试炼副本，直接退出副本，湖水会直接消失。两种临时排水方法退出重进场景湖水就会恢复，适合快速搜刮水下宝箱，无法用来推进主线解谜任务。
湖水排空之后的湖底区域分布着多个隐藏宝箱，石洞通道内还有拜月花，触碰后画面会短暂失明，只能依靠音效辨别路线。通道内悬挂布条陷阱，直接触碰会触发箭矢攻击，下蹲缓慢移动或者跳跃避开布条即可安全通行。沿着水下通道前进，能够收集三份破碎信纸，集齐道具后继续破解射箭机关，按照3‑4‑1‑2顺序射击钟面靶子，最终解锁深处密室，领取对应的任务奖励。
