迷失岛2周目需先完整通关一周目主线，再返回主菜单选择新游戏并确认擦除存档，即可成功开启。进入二周目后，游戏场景与一周目大体一致，但会新增关键道具、隐藏密室与专属解谜线索，整体流程围绕收集特殊道具、破解新增机关、解锁真结局展开，并非简单重复一周目内容。
成功进入二周目的核心标志，是初始场景通往灯塔的桥梁右侧，会出现一块神秘三角块，这是二周目专属的首个关键道具。灯塔二楼墙壁上的纸条内容也会完全变更，成为后续开启神庙二楼密室的核心线索。二周目会重置所有谜题与探索进度，基础解谜规则与一周目相通，但敌人属性会有所强化，部分机关的破解逻辑也会调整，玩家需重新收集蓝色方块、红色珠子等核心道具，这些道具是推进二周目剧情、解锁隐藏内容的必要条件。
二周目的核心玩法围绕六个神秘三角块的收集与神庙密室解锁展开。除了桥上的第一块，其余五块分别位于船舱内怪物的床上、神庙外侧左侧的大石头上、船舱内部左侧桌面、火箭二楼的数独箱子内，以及画满圈圈图案的石碑左侧阴影处。收集齐六块三角块后，可将其嵌入神庙二楼新增的带凹槽门中，成功开启密室。神庙密室中会出现章鱼壁画与光柱机关，同时工厂区域会新增铁箱机关，需依据壁画中章鱼眼睛的睁开状态破解密码，获取铁锥后带回密室与光柱互动，触发NPC对话与新剧情。
二周目还会解锁金字塔密室、外星人场景等隐藏区域，新增专属解谜环节。金字塔门口会出现可交互的坑洞，内部藏有额外线索，金字塔一层也会开启暗门，内部有全新的符号与数字谜题。玩家需整合神庙、工厂、金字塔等区域的所有线索，破解连环机关，最终触发真结局动画。过程中要留意场景中所有细节变化，如石雕石碑图案、房间内新增装置等，这些都是破解谜题的关键，遗漏任何线索都可能导致剧情无法推进。
