孤胆枪手3尖兵使命的武器涵盖手枪、霰弹枪、机枪、火箭筒、能量武器五大类，包含双持手枪、红色喷子、重机枪、跟踪火箭筒、激光炮、火焰枪、冷冻枪等数十种装备，每种武器适配不同战斗场景，是通关与对抗异形的核心关键。
游戏初始自带的双持手枪是基础武器，无弹药限制，射速稳定，适合前期清理零散小型异形，虽单发伤害偏低，但续航优势明显，能应对初期多数突发遭遇战。霰弹枪类武器近距离爆发极强，普通霰弹枪适合狭窄通道清怪，弹道扩散大，可一次性击退近身敌人；稀有红色喷子需探索隐藏点或完成特定条件解锁，伤害更高且附带击退强化效果，面对中型异形集群时能快速压制。机枪系列包含轻机枪与重机枪，轻机枪便携性强、持续火力稳定，适合中距离游走输出；重机枪伤害高、弹匣容量大，架设后可形成火力屏障，适合在开阔区域抵御大规模异形潮，但移动速度会大幅降低。
火箭筒类武器属于范围杀伤重武器，普通火箭筒能对集群敌人造成高额爆炸伤害，跟踪火箭筒可自动锁定目标，适合打击高速移动或分散的异形，也能针对BOSS级单位输出，但弹药稀缺，需在关键战斗使用。能量武器是后期核心装备，激光炮穿透性强，可贯穿直线上的多个敌人，对付装甲异形效果显著；火焰枪能持续灼烧目标，让敌人持续掉血，还可阻断异形进攻路线；冷冻枪能冻结敌人，使其短时间内无法行动，为切换武器输出或走位创造安全空间。此外还有泡泡枪、榴弹炮等特殊武器，泡泡枪升级后可蓄力释放环绕攻击，榴弹炮能发射延时爆炸榴弹，适合清理掩体后的敌人。
武器可通过关卡掉落、商店购买、隐藏点探索三种途径获取，部分稀有武器仅在特定关卡的隐藏房间或完成隐藏任务后出现。战场会掉落黄色三角经验值，拾取后可升级武器，满级为3级，升级后霰弹枪弹道更集中、机枪射速加快、能量武器伤害提升，部分武器升级后还会改变攻击模式，如飞弹类武器增加追踪功能。战斗中需合理搭配武器，近距离用霰弹枪，中距离用机枪，远距离或集群敌人用火箭筒，装甲敌人用能量武器，同时控制弹药消耗，优先保留重武器与能量武器弹药应对高难度敌人与BOSS。
