元气骑士共有三大隐藏关卡，分别是墓穴、沼泽和溶洞，触发入口均在第一大关末尾，满足专属条件后解锁对应传送门即可进入。
墓穴隐藏关触发在遗迹（埃及）地图1-5关底。击败BOSS后，地图侧边会出现一条新通道，进入通道内的谜题房间，触发石门机关，会出现带符咒图案的石盘谜题。该谜题规则是将相同符号两两连线，路径必须覆盖全部格子，且需在时限内完成。解谜成功后大门开启，进入即可；也可用高伤害武器直接破门。墓穴内地面有深坑，掉落会扣血，BOSS守墓甲虫王带护盾，输出中断会快速回盾，需高爆发武器速战速决。
沼泽隐藏关触发在森林地图。在1-1至1-4的普通房间里，随机刷新奉献池，向池内献祭武器可积累献祭值，白色武器+1、绿色+2、蓝色+3、紫色+4、红色+5，凑满5点即可。献祭完成后，1-5关底BOSS固定为变异哥布林祭司，击败后会出现紫色传送门，进入即到沼泽隐藏关。沼泽地形有减速效果，停留越久减速越强，BOSS战场地会逐渐被沼泽覆盖，建议选用带位移技能的角色，避免被持续减速限制走位。
溶洞隐藏关触发在雪原（冰原）地图1-5关底。击败该关卡BOSS后，场景中会出现一个特殊牢笼，打破牢笼救出被困矿工，矿工便会开辟通往溶洞的新路径。进入传送门后抵达溶洞，这里地面结冰会使角色滑行，使用爆炸类武器或技能会触发天花板掉落冰锥，易造成自伤，战斗时需谨慎选择武器。溶洞BOSS为溶洞冰虫，能钻地召唤冰块并吞噬回血，还免疫冰冻控制，需持续输出阻止其回血，击败后有机会获得专属增益buff。
三大隐藏关的触发均存在一定随机性，若当前关卡未刷新对应触发点，可退出重开刷关，提高触发概率。隐藏关难度高于普通关卡，但通关后能获取专属道具、技能碎片及成就奖励，是提升角色实力和解锁游戏内容的重要途径，熟练掌握触发技巧和战斗要点，能让探索效率大幅提升。
