星露谷物语神秘矿石主要出现在矿井100层及以下、骷髅洞穴、采石场与火山地牢这四个区域，是获取铱矿石、黄金矿石与五彩碎片的核心来源。
矿井100层及以下是神秘矿石的基础刷新点，这里属于岩浆地层，神秘矿石外观与周围岩石相近，需仔细辨认，越往深层刷新概率越高，开采时可搭配炸弹快速清理岩石，提升寻找效率，同时该区域怪物强度较高，需准备充足的恢复道具与强力武器。
骷髅洞穴是神秘矿石的高概率刷新区域，位于沙漠西北部，需先获取骷髅钥匙解锁，洞穴内无层数上限，神秘矿石刷新概率随深度增加而提升，可通过大量制作楼梯快速下探，搭配幸运食物提升当日运气，能显著提高找到神秘矿石的几率，洞穴内铱蝠、铱蟹等怪物也有概率掉落铱矿石，可同步收集。
采石场是神秘矿石的稳定刷新点，位于矿井后方，解锁后会定期刷新各类矿石，神秘矿石刷新概率虽低但固定存在，适合日常顺路采集，无需深入危险区域，同时采石场还会刷新其他稀有矿石，可一并收集，提升资源获取效率。
火山地牢位于姜岛，是后期神秘矿石的重要刷新区域，地牢内地形复杂，神秘矿石随机分布在各处岩石中，刷新概率较低但产出稳定，探索时需注意躲避岩浆与强力怪物，搭配防火装备与恢复道具，开采神秘矿石可获得150点采矿经验，还能稳定获取黄金矿石、铱矿石，并有25%概率掉落五彩碎片，是打造银河剑、升级装备的关键资源。
