地下城堡3副本商店主要有皇陵地宫商店、源之塔地下监牢商店、英魂之城虫巢封印物商店，还有秘境商店、财富岛商店等，各商店对应专属副本产出货币，可兑换养成材料、装备道具与稀有资源。
皇陵地宫商店是核心副本商店，位于永恒焦土帝王陵寝，每日可挑战一次，产出怨念结晶作为兑换货币。商店核心兑换物包括安魂烛、炼成阵盐宝箱、强者之血、太阳之光、扭动之魂等养成材料，还有稀有符文与装备强化道具。副本为25层爬塔机制，优先清理左右偏殿再打主殿，控制怨念印记不超100避免强制退出，难度越高结晶掉落越多，建议按战力选难度，急需战力优先换符文，长期养成囤积高阶强化素材。
源之塔地下监牢商店在源之塔支线地图，完成主线后解锁，通过每日战斗获取灵魂碎片，在封魂罐兑换奖励。商店可兑换本位之玉、特级腐蚀液、托比亚银币、练成自选宝箱、随机唤灵等资源，还有娜塔莉亚的藏品道具，集齐后可挑战隐藏BOSS获取神级奖励。副本每日仅一次战斗机会，可通过对话削弱怪物能力，提升通关效率，适合中后期补充稀缺资源。
英魂之城的虫巢封印物商店是冥界篇核心商店，以古虫干为兑换货币，通过冥海行舟副本获取。商店售卖高阶封印物、灵魂余晖、纹章宝盒、稀有矿石等道具，助力再生者进阶与战力提升。副本需注意印记机制，13层后避免印记溢出，搭配野猪肉、醴泉等道具防翻车，通关后稳定获取古虫干，优先兑换12-13阶纹章相关道具。
此外还有秘境商店与财富岛商店，秘境商店用乙太兑换再生者升阶材料与核心道具，每日两次挑战机会，避免过度消耗乙太预留后期需求。财富岛商店为日常资源商店，可兑换银币、食材、基础强化材料，每日可多次挑战，适合快速积累基础资源。这些商店形成完整资源补给体系，玩家可按养成阶段规划兑换优先级，高效提升账号实力。
